全國性公民投票之主管機關為中央選舉委員會（以下簡稱本會），依本法及中央法規辦理相關事項，並指揮監督直轄市、縣（市）選舉委員會辦理之。

地方性公民投票之主管機關為直轄市政府、縣（市）政府，依本法及自治法規辦理相關事項；直轄市、縣（市）選舉委員會依本法及自治法規權限範圍內辦理相關事項，並受本會之指揮監督。

直轄市、縣（市）選舉委員會於辦理公民投票期間，得於鄉（鎮、市、區）設選務作業中心。