本會除辦理公民投票提案、聽證、經費募集之許可及管理事項外，與直轄市、縣（市）選舉委員會分別辦理下列事項：
一、公民投票連署事項。
二、公民投票之公告事項。
三、公民投票投票事務之進行程序及計畫事項。
四、公民投票電視發表會或辯論會之辦理事項。
五、公民投票宣導之策劃事項。
六、公民投票之監察事項。
七、投票所、開票所之設置及管理之規劃辦理事項。
八、投票所、開票所工作人員訓練及儲備之規劃辦理事項。
九、公民投票結果之審查事項。
十、其他有關公民投票之事項。

直轄市、縣（市）選舉委員會就下列公民投票事務，指揮、監督鄉（鎮、市、區）公所辦理：
一、投票權人名冊公告閱覽之辦理事項。
二、投票所、開票所設置及管理之辦理事項。
三、投票所、開票所工作人員遴報事項。
四、公投票之轉發事項。
五、公民投票公報及投票通知單之分發事項。
六、公民投票法令之宣導事項。
七、其他有關公民投票事務之辦理事項。