本條例第十三條所定基礎訓練及專業訓練，其權責區分如下：
一、主管機關辦理訓練方針之訂定及指導。
二、主管機關會同國防部辦理基礎訓練計畫之訂定及執行。
三、需用機關辦理一般替代役專業訓練計畫之訂定、執行及督考。
四、主管機關辦理研發或產業訓儲替代役專業訓練計畫之訂定、執行及督考。

前項第二款國防部辦理基礎訓練之兵力，不列計國軍總員額。