傷亡慰問金及安養津貼發給程序如下：
一、替代役役男因公病傷慰問金、身心障礙慰問金或死亡慰問金：經服勤（用人）單位（處所）或內政部發布病、傷通報或身心障礙或死亡通報函核定後，由內政部辦理核發作業。
二、替代役役男身心障礙人員三節慰問金及安養津貼：
（一）榮服處於核定安置就養或停止安置就養案件時，應函知內政部、直轄市及縣（市）政府。
（二）內政部接獲榮服處核定安置就養或停止安置就養案件後，辦理核發或停發三節慰問金及補助直轄市、縣（市）政府安養津貼之作業。
（三）直轄市、縣（市）政府應與榮服處核對安置就養資格，核對無誤後三節慰問金於每年三節（春節、端午節及中秋節）前發放完畢；安養津貼按月發給。

替代役役男身心障礙人員發生死亡、戶籍異動或身心障礙狀況變更時，直轄市、縣（市）政府應即函報內政部核列。

替代役役男傷亡慰問金及安養津貼有誤領、溢領或漏發時，應依法請求返還或辦理補發作業。