各級主管機關應定期輔導其主管之身心障礙福利機構，每年至少辦理二次不預先通知查核，並得結合各目的事業主管機關辦理聯合稽查。身心障礙福利機構不得規避、妨礙或拒絕。

輔導、查核項目包含組織管理、建築物及設施設備、專業服務、權益保障等。

針對輔導、查核發現之缺失，主管機關應輔導改善或依法限期改善，缺失改善情形應列入身心障礙福利機構評鑑指標項目。