本保險基金來源如左：
一、創立時政府一次撥付之金額。
二、當年度保險費及其孳息收入，與保險給付支出之結餘。
三、保險費滯納金。
四、基金運用之收益。

本保險基金，經農民健康保險監理委員會之通過，得為左列之運用：
一、對於公債、庫券及公司債之投資。
二、存放於國家銀行或中央主管機關指定之公營銀行。
三、中央主管機關核准有利於本基金收入，或農民健康保險業務之投資。

本保險基金，除作為前項運用及保險給付支出外，不得移作他用或轉移處分；其管理、運用辦法，由中央主管機關定之。

基金之收支運用情形及其積存數額，應由保險人報請中央主管機關按年公告之。

辦理本保險所需經費，由保險人按年度應收保險費總額百分之五點五編列預算，經農民健康保險監理委員會審議通過，在中央社會保險局未設立前，由辦理本保險業務機構之主管機關撥付之。

本保險年度結算如有虧損，除由辦理本保險業務機構之主管機關審核撥補，並得申請中央主管機關予以補助外，中央主管機關應即檢討虧損發生原因；如認為應調整保險費率時，應即依規定程序予以調整。