直轄市或縣（市）主管機關辦理地籍清查工作程序如下，必要時，得實地調查：
一、清查現行地籍資料庫，並查閱日據時期及光復後土地登記簿、土地臺帳、連名簿、臺灣省土地關係人繳驗憑證申報書、共有人名簿、登記申請書與其附件、建物填報表及其他相關文件，逐筆清查土地權利，土地地籍清查程序表如附表一，並依第三條規定予以分類；必要時，得向相關機關查對資料。
二、依前款分類之土地地籍及相關資料，應登錄於地籍清查表如附表二。

清查第三條第一款至第四款、第十款及第十一款規定之土地地籍時，應排除地籍資料庫非屬本辦法清查範圍之祭祀公業、寺廟或宗教團體及已知國民身分證統一編號之自然人及統一編號之法人等之土地。