保護區為國土保安、水土保持、維護天然資源與保護環境及生態功能而劃定，在不妨礙保護區之劃定目的下，經縣（市）政府審查核准，得為下列之使用：
一、國防所需之各種設施。
二、警衛、保安、保防、消防設施。
三、臨時性遊憩及露營所需之設施。
四、公用事業、社會福利事業所必需之設施。
五、採礦之必要附屬設施：電力設備、輸送設備及交通運輸設施。
六、土石方資源堆置處理。
七、廢棄物資源回收、貯存場及其附屬設施。
八、水質淨化處理設施及其附屬設施。
九、造林及水土保持設施。
十、為保護區內地形、地物所為之工程。
十一、汽車運輸業所需之停車場、客、貨運站及其必需之附屬設施。
十二、危險物品及高壓氣體儲藏、分裝等。
十三、溫泉法施行前，已開發溫泉使用之溫泉井及溫泉儲槽。但土地使用面積合計不得超過十平方公尺。
十四、休閒農業設施。
十五、農村再生相關公共設施。
十六、自然保育設施。
十七、綠能設施。
十八、原有合法建築物拆除後之新建、改建、增建。除寺廟、教堂、宗祠外，其高度不得超過三層或十點五公尺，建蔽率最高以百分之六十為限，建築物最大基層面積不得超過一百六十五平方公尺，建築總樓地板面積不得超過四百九十五平方公尺。土地及建築物除供居住使用及建築物之第一層得作小型商店及飲食店外，不得違反保護區有關土地使用分區之規定。
十九、都市計畫發布實施前，原有依法實際供農作、養殖、畜牧生產且未停止其使用者，得比照農業區之有關規定及條件，申請建築農舍及農業產銷必要設施。但依規定辦理休耕、休養、停養或有不可抗力等事由，而未實際供農作、養殖、畜牧等使用者，視為未停止其使用。

前項第一款至第十六款設施之申請，縣（市）政府於辦理審查時，應依據地方實際情況，對於其使用面積、使用條件及有關管理維護事項作必要之規定。