本法所稱主管機關：在中央為內政部；在直轄市為直轄市政府；在縣（市）為縣（市）政府。

中央主管機關應辦理下列事項：
一、全國濕地保育利用政策之研究、策劃、督導及協調。
二、全國濕地保育利用法令制度之研擬。
三、重要濕地之評定、變更、廢止及公告。
四、國際級與國家級重要濕地保育利用計畫之擬訂、審議、變更、廢止、公告及實施。
五、地方級重要濕地保育利用計畫之核定、監督及協調。
六、國際級及國家級重要濕地使用之許可。
七、濕地標章之設立及管理。

直轄市、縣（市）主管機關應辦理下列事項：
一、地方級重要濕地保育利用計畫之擬訂、審議、變更、公告及實施。
二、地方級重要濕地使用之許可。
三、轄區內其他濕地保育利用之策劃、督導及協調。