各級政府經依第二十條規定徵詢中央主管機關，認有破壞、降低重要濕地環境或生態功能之虞之開發或利用行為，該申請開發或利用者應擬具濕地影響說明書，申請該管主管機關審查許可。審查許可開發或利用行為之原則如下：
一、優先迴避重要濕地。
二、迴避確有困難，應優先採行衝擊減輕措施或替代方案。
三、衝擊減輕措施或替代方案皆已考量仍有困難，無法減輕衝擊，始准予實施異地補償措施。
四、異地補償仍有困難者，始准予實施其他方式之生態補償。

前項第三款及第四款異地補償及生態補償措施，應依下列規定方式實施：
一、主管機關應訂定生態補償比率及復育基準。
二、前款補償，應於原土地開始開發或利用前達成生態復育基準。但經主管機關評估，無法於原土地開始開發或利用前達成生態復育基準者，得以提高異地補償面積比率或生態補償功能基準代之。
三、異地補償面積在○˙二公頃以下者，得以申請繳納代金方式，由主管機關納入濕地基金並專款專用統籌集中興建功能完整之濕地。

第一項開發或利用行為應擬具濕地影響說明書者，其認定基準、細目、資訊公開、民眾參與及其他作業事項之準則，由中央主管機關定之。

進行異地補償之土地，應考量生物棲地多樣性、棲地連結性、生態效益、水資源關聯性、鄰近土地使用相容性、土地使用趨勢及其他因素，其區位選擇原則如下：
一、位於或鄰近開發與利用行為之地區。
二、位於或鄰近與開發或利用行為地區同一水系或海域內之濕地生態系統。
三、於其他可能補償整體濕地生態系統之位置。

異地補償之土地，視同重要濕地並進行復育。

實施異地補償或生態補償之土地，如涉及擬訂或變更重要濕地保育利用計畫者，主管機關應依第十四條規定辦理。

原土地開發或利用者，應依前項變更或核定之重要濕地保育利用計畫辦理。

第一項異地補償之土地應依其他法律檢討變更為生態保育性質之土地使用分區或用地，不得再申請開發或利用。

開發或利用者採取衝擊減輕或替代方案並繳交濕地影響費，或依第二十七條第二項第二款辦理異地補償，或依第二十七條第二項第三款規定繳交代金及前條第二項規定辦理後，主管機關始得核發許可。

開發或利用行為未經主管機關許可前，各目的事業主管機關不得依其主管法規同意或許可。

前條之開發迴避、衝擊減輕與替代方案、異地補償機制、生態補償、許可、廢止、異地補償面積比例、生態補償功能基準、開發面積累積規定及其他應遵行事項之辦法，由中央主管機關定之。

進行異地補償或生態補償應依濕地影響說明書辦理，其復育成果，開發或利用者應定期報中央主管機關備查。

前項成果，主管機關應定期檢查，並得隨時派員調查、查驗；必要時，得會同相關機關、專家學者考察與提供意見，促其提出改善方案，並命其限期改善。

前項情形，中央主管機關得委託專家學者、專業團體或機構協助作技術性之評估、調查研究或諮商，相關費用由開發或利用單位負擔。

主管機關辦理第二項業務，得準用第六條第二項規定。