申請許可案件屬下列情形之一者，免依本辦法申請許可：
一、本法第十三條第二項，依其他法律規定納入保護而免擬訂海岸保護計畫之地區，且屬各該海岸保護區之目的事業計畫所定之措施。
二、屬本法第十六條第三項公告實施海岸保護計畫或海岸防護計畫內容應辦理事項。
三、僅涉及第三條第一項第三款，且該管海岸地區之土地使用主管機關已配合中央主管機關所定都市設計準則，訂定或檢討修正土地使用管制、都市設計或保護利用管制原則等相關規定。
四、屬依本法第二十三條所定海岸防護設施規劃設計手冊辦理之一般性海堤及其附屬設施。
五、本辦法發布施行前已興建設置合法建築或設施之維護或修繕工程。
六、僅位於海岸防護區範圍內陸域緩衝區之漁業經營結合綠能（以下簡稱漁電共生）設施案件，中央能源主管機關已將本法第二十六條規定許可條件納入其主管電業申請法規訂定海岸利用管理相關審查規定，且該案件所在漁電共生之區位範圍（以下簡稱漁電共生專區）已由中央能源主管機關檢具海岸利用管理可行性規劃報告，經中央主管機關認定已妥適規劃資源保護、災害防護及公共通行之指導原則。
七、政府興辦之河川疏濬、港區疏濬、航道疏濬、養灘或定砂案件，屬減量、復育或環境整理，非採取直接阻斷式工程且使用自然材料。

前項第五款以環境衝擊小、具公益性且不致產生外部衝擊，並經中央主管機關會商有關機關認定者為限。

中央主管機關依第一項第六款規定認定海岸利用管理可行性規劃報告前，得徵詢依本法第九條第一項規定成立之組織意見。

第一項第六款漁電共生專區海岸利用管理可行性規劃報告之書圖格式，由中央主管機關另定之。

中央能源主管機關審查漁電共生設施案件，應依第一項第六款中央主管機關認定之漁電共生專區海岸利用管理可行性規劃報告內容審核，並落實監督管理。

第一項第七款以取得所在管理機關或直轄市、縣（市）主管機關原則同意之證明文件，並徵詢水利主管機關無影響海岸災害防護之虞意見，經中央主管機關認定者為限。