中央主管機關完成審查補助費用需求計畫書並核定補助額度後，通知直轄市、縣（市）主管機關依下列規定申請撥付款項：
一、結構安全性能評估費用：
（一）第一期：檢附中央主管機關核定函、請款明細表、納入預算證明及歲出計畫說明提要或未及納入預算之議會同意墊付函等其他相關文件，申請撥付補助項目核定額度百分之五十。
（二）第二期：累計執行達總核定額度之百分之四十者，檢附請款明細表、補助清冊、執行進度考核管制表、納入預算證明及歲出計畫說明提要或未及納入預算之議會同意墊付函等其他相關文件，申請撥付補助項目核定額度之百分之五十。
二、行政作業費：檢附中央主管機關核定函、請款明細表、納入預算證明及歲出計畫說明提要或未及納入預算之議會同意墊付函等其他相關文件，申請撥付補助核定額度。

前項補助費用應專款專用，並以納入預算方式辦理。年度終了仍有賸餘時，應予繳回。

第一項核定之補助費用額度，中央主管機關得視營建建設基金或政府預算等編列情形，予以調整。