金門金門馬祖澎湖與大陸地區通航入出境許可證件規費收費規定如下：
一、單次入出境證：每件新臺幣四百元；單次入境或出境者，減半收費。
二、二年效期以下多次入出境證件：每件新臺幣八百元。
三、逾二年效期多次入出境證件：每件新臺幣二千元。
四、臨時停留許可證件：以網際網路提出申請者，每件新臺幣二百元；於入境時提出申請者，每件新臺幣四百元。

前項證件之延期，每件新臺幣二百元。

因證件污損、滅失、遺失或資料變更申請補發者，應依第一項規定收費。