本法所稱主管機關：在中央為內政部；在直轄市為直轄市政府；在縣（市）為縣（市）政府。

本法所定事項，主管機關及目的事業主管機關應就其權責範圍，依跟蹤騷擾防制之需要，主動規劃所需保護、預防及宣導措施，對涉及相關機關之防制業務，並應全力配合。其權責如下：
一、主管機關：負責防制政策、法規與方案之研究、規劃、訂定及解釋；案件之統計及公布；人員在職教育訓練；其他統籌及督導防制跟蹤騷擾行為等相關事宜。
二、社政主管機關：跟蹤騷擾被害人保護扶助工作、配合推動跟蹤騷擾防制措施及宣導等相關事宜。
三、衛生主管機關：跟蹤騷擾被害人身心治療、諮商及提供經法院命完成相對人治療性處遇計畫等相關事宜。
四、教育主管機關：各級學校跟蹤騷擾防制教育之推動、跟蹤騷擾被害人就學權益維護及學校輔導諮商支持、校園跟蹤騷擾事件處理之改善等相關事宜。
五、勞動主管機關：被害人之職業安全、職場防制教育、提供或轉介當事人身心治療及諮商等相關事宜。
六、法務主管機關：跟蹤騷擾犯罪之偵查、矯正及再犯預防等刑事司法相關事宜。
七、其他跟蹤騷擾行為防制措施，由相關目的事業主管機關依職權辦理。

中央主管機關為推動前述事項應設置防制跟蹤騷擾推動諮詢小組，遴聘（派）學者專家、民間團體及相關機關代表之人數，不得少於總數二分之一，且任一性別人數不得少於總數三分之一。