海巡機關掌理下列事項：
一、海岸管制區之管制及安全維護。
二、入出港船舶或其他運輸工具之安全檢查。
三、海域、海岸、河口與非通商口岸之查緝走私、防止非法入出國、執行通商口岸人員之安全檢查及其他犯罪調查。
四、海域與海岸巡防涉外事務之協調、調查及處理。
五、走私情報之蒐集、滲透與安全情報之調查及處理。
六、海洋環境之保護及保育。
七、執行事項：
（一）海上交通秩序之管制及維護。
（二）海上救難、海洋災害救護及海上糾紛之處理。
（三）漁業巡護及漁業資源之維護。
八、其他有關海岸巡防之事項。

前項第五款有關海域與海岸巡防涉及國家安全情報部分，應受國家安全局之指導、協調及支援。