海巡機關人員執行職務時，得行使下列職權。但不得逾越必要程度：
一、對進出通商口岸之人員、船舶、車輛或其他運輸工具及載運物品，有正當理由，認有違反安全法令之虞時，得依法實施安全檢查。
二、對進出海域、海岸、河口、非通商口岸、航行領海內之船舶或其他運輸工具及其載運人員、物品，有正當理由，認有違法之虞時，得依法實施檢查。
三、對航行海域內之船舶或其他運輸工具，有正當理由，認有違法之虞時，得命船舶出示船舶文書、航海紀錄及其他有關航海事項之資料。
四、對航行海域內之船舶或其他運輸工具，根據船舶外觀、國籍旗幟、航行態樣、乘載人員及其他異常舉動，有正當理由，認有違法之虞時，得命船舶或其他運輸工具停止航行、回航，其抗不遵照者，得以武力令其配合。但武力之行使，以阻止繼續行駛為目的。
五、對航行海域內之船舶或其他運輸工具，如有損害中華民國海域之利益及危害海域秩序行為或影響安全之虞者，得進行緊追、登臨、檢查、驅離；必要時，得予逮捕、扣押或留置。
六、其他依法令、條約、協定或國際法規定得行使之職權。

海巡機關人員執行前項職權，若有緊急需要，得要求附近船舶及人員提供協助。