本署掌理下列事項：
一、海洋權益維護之規劃、督導及執行。
二、海事安全維護之規劃、督導及執行。
三、入出港船舶或其他水上運輸工具及通商口岸人員之安全檢查。
四、海域至海岸、河口、非通商口岸之查緝走私、防止非法入出國及其他犯罪調查。
五、公海上對中華民國船舶或依國際協定得登檢之外國船舶之登臨、檢查及犯罪調查。
六、海域與海岸巡防涉外事務之協調、調查及處理。
七、海域及海岸之安全調查。
八、海岸管制區之安全維護。
九、海巡人員教育訓練之督導、協調及推動。
十、其他海岸巡防事項。