本署掌理下列事項：
一、海洋生態環境保護之規劃、協調及執行。
二、海洋生物多樣性保育與復育之規劃、協調及執行。
三、海洋保護區域之整合規劃、協調及執行。
四、海洋非漁業資源保育、管理之規劃、協調及執行。
五、海洋污染防治之整合規劃、協調及執行。
六、海岸與海域管理之規劃、協調及配合。
七、海洋保育教育推廣與資訊之規劃、協調及執行。
八、其他海洋保育事項。