綜合規劃處掌理事項如下：
一、國家總體海洋政策之統合規劃、協調及推動。
二、跨機關之海洋事務政策、計畫與重大措施之規劃、協調、諮詢及審議。
三、國內外海洋事務發展政策措施之研析及評估。
四、海洋基本法令之研究、規劃、協調及推動。
五、本會施政策略、年度施政方針、年度施政計畫、中程施政計畫、先期作業、中長程個案計畫之研擬、協調、管考及評估。
六、法制、訴願及國家賠償業務之處理。
七、其他有關綜合規劃事項。