特別行動支援中心掌理事項如下：
一、國際動態、政經情勢與海域情勢等資訊之蒐集、政策指導、研析及運用。
二、國際情報合作工作與特別行動計畫先期作業之規劃及執行。
三、國內情報機關情資之交流、研析及運用。
四、視覺化決策輔助分析系統之統合、資料管理、運用及督導。
五、特別行動之任務規劃、協調及督導。
六、特別行動之任務共同作業圖像操作、管控及督導。
七、其他有關特別行動支援事項。