督察組掌理事項如下：
一、年度督察工作計畫之策訂及考核。
二、海域與海岸巡防勤務督察之規劃、督導及執行。
三、艦船艇海損事故之調查及處理。
四、艦船艇新造、接收、維修與專案整備任務完工後檢驗工作之規劃、督導及執行。
五、法規制（訂）定、修正、廢止之審議。
六、訴願與國家賠償事件之審議及處理。
七、其他有關督察事項。