巡防組掌理事項如下：
一、海洋權益維護之規劃及督導。
二、海事安全維護之規劃及督導。
三、海域與海岸巡防政策、勤務之規劃及督導。
四、入出港船舶或其他水上運輸工具與通商口岸人員安全檢查事項之規劃及督導。
五、海岸管制區安全維護事項之規劃及督導。
六、海域與海岸反恐怖活動、本署人員。
七、駐地整體安全防護之規劃及督導。
八、海域與海岸狀況之初步應變、指導、處理、管制及本署內外機關（構）單位之通報。
九、本署與各分署勤務單位、人員之指揮、管制、跨轄區勤務協調統合及勤務指揮中心執勤規範、狀況通報機制之策訂。
十、海巡雷情系統、海情系統運用與海巡報案專線一一八之規劃、督導及考核。
十一、其他有關巡防事項。