綜合規劃組掌理事項如下：
一、本署施政策略、施政計畫、中長程個案計畫之彙辦、管制及評估。
二、海洋生態系管理、海洋保護區域之整合、規劃、協調及推動。
三、海岸與海域管理工作之協調及配合。
四、海洋保育教育宣導之規劃、協調、推動及執行。
五、海洋保育資訊調查之規劃、協調、統計及應用。
六、國際合作與技術交流之規劃、協調、推動及執行。
七、法制、訴願與國家賠償事件之審議及處理。
八、其他有關綜合規劃事項。