海洋環境管理組掌理事項如下：
一、海洋環境保護政策之整合、規劃、協調及執行。
二、海洋污染防治政策之整合、規劃、協調及執行。
三、海洋環境管理法規制（訂）定、修正、廢止及解釋之研擬。
四、海洋水質維護策略之擬訂、整合、協調及執行。
五、重大海洋污染事件之應變、協調及督導。
六、海洋環境監測之研擬、規劃、協調及執行。
七、其他有關海洋環境管理事項。