勤務指揮中心掌理事項如下：
一、海域與海岸狀況之初步應變、指導、處理、管制及通報。
二、勤務單位、人員之指揮、管制及協調統合。
三、海巡雷達與雷情系統之訓練運用、管制、督導及考核。
四、海巡報案專線一一八與遠洋衛星電話之執行及管制。
五、海情系統之督導及考核。
六、其他有關勤務指揮事項。