檢管科掌理事項如下：
一、入出港船舶與其他水上運輸工具及通商口岸人員安全檢查之執行。
二、協助國內僱用大陸船員相關管制之執行。
三、岸際、港口各項法令彙整與勤（業）務資料之統計、分析及運用。
四、傳染性疫病防處勤務之規劃、督導、執行及考核。
五、岸巡單位、勤務人力調整之規劃、督導、執行及協調。
六、沿近海漁業資源維護、違規取締案件管理與人民申請進出海岸管制區管理及安全維護之執行。
七、安全檢查勤務之規劃、督導、演訓及考核。
八、安檢裝備、系統之配置、管理、督導及考核。
九、其他有關檢管事項。