督察科掌理事項如下：
一、年度督察工作計畫之執行。
二、海域與海岸巡防勤務督察、內部紀律維護業務之規劃、督導、執行及考核。
三、機關人員意外事件及與民眾糾紛之查處。
四、機關人員保護管束之執行。
五、法制業務、訴願及國家賠償事件之處理。
六、協助艦船艇維修後之檢驗工作及海損調查。
七、其他有關督察事項。