本院設下列中心、室：
一、綜合規劃及人力培訓中心。
二、海洋政策及文化研究中心。
三、海洋科學及資訊研究中心。
四、海洋生態及保育研究中心。
五、海洋產業及工程研究中心。
六、秘書室。
七、人事室。
八、主計室。