海洋科學及資訊研究中心掌理事項如下：
一、海洋科技研究發展策略與計畫之研擬及執行。
二、海洋觀測計畫與數值模擬分析之規劃及執行。
三、海洋資訊系統與海洋資料庫之建置、管理及運用。
四、海底地形監測與探勘之規劃及執行。
五、海洋污染調查與防治技術之研究及推廣。
六、海洋資源調查與環境監測研究之規劃、執行、技術研發及推廣。
七、海域環境探測技術研發之整合、規劃及執行。
八、其他有關海洋科學及資訊研究事項。