海洋生態及保育研究中心掌理事項如下：
一、海洋生物、生態系統調查與保育之研究及技術推廣。
二、海洋生物科技與生物基因體之研究及技術推廣。
三、海洋噪音、酸化、氣候變遷及人類活動對海洋生物影響之研究。
四、海洋外來物種入侵防治技術之研究及推廣。
五、其他有關海洋生態及保育研究事項。