海洋產業及工程研究中心掌理事項如下：
一、海洋產業創新與轉型之研究及推廣。
二、海域與海洋工程技術之研究及推廣。
三、船艦設計與維修技術之研究及推廣。
四、海域腐蝕環境調查、分類與材料防蝕技術研發之規劃及執行。
五、海域、近岸水文水理研究、水工試驗、船舶流力實驗與數值模擬技術研發之規劃及執行。
六、海域、海岸救難與災害救助技術之研究及推廣。
七、海洋資源、能源探勘與開發利用技術之研究及推廣。
八、其他有關海洋產業及工程研究事項。