本基金會設董事會，置董事十一人至十五人；置董事長一人，由董事互選之。董事長應具原住民身分。

董事長對內綜理會務，主持董事會，對外代表本基金會。董事長因故不能執行職務時，由董事互推一人代理之。董事長因故不能執行職務逾三個月時，董事會得依決議解除其董事長職務。