本部之次級軍事機關及其業務如下：
一、政治作戰局：國軍政治作戰事項之規劃、核議及執行。
二、軍備局：國軍軍備整備事項之規劃、核議及執行。
三、主計局：國軍主計事項之規劃、核議及執行。
四、軍醫局：國軍醫務及衛生勤務事項之規劃、核議及執行。
五、全民防衛動員署：軍事動員事項之規劃、核議、執行與行政院與所屬機關（構）、直轄市及縣（市）政府全民防衛動員事項之協助。