本局掌理下列事項：
一、軍醫政策及制度之規劃。
二、軍醫人員訓練、考核及經歷之管理。
三、國軍醫院診療作業、人力、獎助之規劃及其經營、管理。
四、國軍醫療保健與研究發展之規劃及督導。
五、國軍衛生勤務與衛材補給之規劃及督導。
六、國軍醫學、衛生勤務教育與訓練之規劃及督導。
七、其他軍醫事項。