本基金為預算法第四條第一項第二款所定之特種基金，編製附屬單位預算；下設臺北榮民總醫院作業基金、臺中榮民總醫院作業基金、高雄榮民總醫院作業基金及屏東榮民總醫院作業基金四個基金，編製附屬單位預算之分預算。

本基金以國軍退除役官兵輔導委員會（以下簡稱退輔會）為主管機關；各醫院作業基金以各醫院為管理機關。