本部設下列單位，並得分組或中心辦事：
一、政治作戰室，分五組辦事。
二、督察長室，分六組辦事。
三、人事軍務處，分七組辦事。
四、軍事情報處，分三組辦事。
五、戰備訓練處，分三組一中心辦事。
六、後勤處，分五組辦事。
七、計畫處，分五組辦事。
八、通信電子資訊處，分四組辦事。
九、主計處，分四組辦事。

本部得視軍事需要，報請國防部核定，在法定員額內，酌減或增設其他必要之單位。