本分院設下列部、科、室：
一、內科部，分七科辦事。
二、外科部，分七科辦事。
三、精神部，分四科辦事。
四、神經復健部，分三科辦事。
五、護理部。
六、婦產科。
七、小兒科。
八、放射線科。
九、牙科。
十、病理檢驗科。
十一、急診醫學科。
十二、藥劑科。
十三、營養科。
十四、醫務企管室。
十五、社會工作室。
十六、職業安全衛生室。
十七、秘書室。
十八、人事室。
十九、政風室。
二十、主計室。

臺北榮民總醫院員山分院之業務，由本分院人員派充辦理。