特種基金處掌理事項如下：
一、國軍各特種基金會計、財務管理相關法令之研擬、審議及陳報。
二、本局負責特種基金（事業）之督導及管理。
三、國軍各特種基金業務及事業之查核督導、創設、改制及裁（簡）併。
四、國軍各特種基金資金統籌管理、調度之規劃、執行及督導。
五、國軍各特種基金預算、會計及決算事項之審議、督導及彙編陳報。
六、其他有關特種基金事項。