主計室掌理事項如下：
一、本局與所屬機構主計人員任職之管制。
二、本局與所屬機構年度施政計畫與預算之編審、分配、管制及執行。
三、國軍生產及服務作業基金（醫療事業）會計事務處理及作業規定之研擬。
四、本局與所屬機構附屬單位概（預）算、決算、估計、績效及會計月報等編報。
五、本局與所屬機構現金收支會計帳務處理及代收款計畫之審核。
六、對所屬機構主計業務與內部審核之督導及處理。
七、本局國防公務統計表報之擬訂、蒐整、彙報及管考。
八、其他有關歲計、會計及統計事項。