主任軍事檢察官之權責事項如下：
一、本組事務之監督。
二、本組軍事檢察官辦案書類之審核。
三、本組軍事檢察官承辦案件行政文稿之審核或決行。
四、本組軍事檢察官及其他人員之工作、操守、學識、才能之考核、指導與獎懲之擬議。
五、檢察長交辦事項及其他有關事務之處理。

主任軍事檢察官在二人以上，其中有因事故不能執行職務者，由其他主任軍事檢察官代理。其僅有一人者，得由檢察長指定軍事檢察官代理之。