書記官之權責事項如下：
一、人員差勤、值日（夜）、獎懲、考績、退伍（休）、保險、撫卹、福利、風紀維護、權益保障、救濟案件、教育訓練及服務證明書之核發。
二、經費與其他款項出納、保管、財產物品購置保管、核對、辦公處所修建、分配、院區安全維護及消防、衛生。
三、公務機密維護及公職人員財產申報。
四、人民陳訴、聲請、檢舉事件、研究考核、行政法令之研擬、保管及彙編。
五、資訊作業與軍法業務自動化系統之管理及維護。
六、訴訟案件之登記、點收、分配、整理、編訂、贓證物保管、訴訟進行及行政事務之文稿撰擬、筆錄及期日傳喚通知之製作、裁判書及決定書正本、送達、主文之公告、統計分析。
七、文書之繕發、分配、繕印、編檔保存、稽催管制、典守印信、圖書及報刊管理。
八、其他經院長交辦事項。

前項事務，院長得視情形，指定相關行政人員辦理，或指定軍事審判官、公設辯護人兼辦之。