檢察長綜理署務，指揮、監督所屬人員，並應隨時考查本署及所屬下級軍事法院檢察署案件進行情形，注意其辦案期限。

檢察長因故不能執行職務時，由資深主任軍事檢察官或檢察長指定之主任軍事檢察官代行其職務，並應陳報國防部。