主計室掌理事項如下：
一、本署與所屬機構、部隊之主計人員任職管制。
二、年度施政計畫與預算編審、分配、管制及執行。
三、本署與所屬機構、部隊附屬單位概（預）算、決算、估計、績效及會計月報等編報。
四、現金收支會計帳務處理及代收款計畫之審核。
五、對所屬機構、部隊主計業務與內部審核之督導及處理。
六、本署國防公務統計表報之擬訂、蒐整、彙報及管考。
七、其他有關歲計、會計及統計事項。