本院人員非經核准，不得進入或經由其他國家或地區私自轉往大陸地區或香港、澳門，或由大陸地區、香港或澳門機場、港口轉乘航空器、船舶或其他運輸工具至其他國家或地區（以下簡稱過境轉機）。

本院涉及國家安全、利益或機密人員，除有下列各款情形之一者外，不得申請進入大陸地區、香港或澳門及於該地過境轉機：
一、配偶或四親等內親屬在大陸地區、香港、澳門，罹患傷病或有其他危害生命之虞等特殊情事需要探視，或處理其死亡未滿一年之事宜。
二、從事與業務相關之交流活動。
三、經所屬機關（構）遴派或同意出席專案活動或會議。

本院人員申請進入大陸地區、香港或澳門及於該地過境轉機之核准程序如下：
一、涉及國家安全、利益或機密者申請進入大陸地區，由本院權責單位及相關軍事委託機關（構）審查後，呈報國防部複審，經內政部會同國家安全局、法務部、大陸委員會及相關機關組成之審查會審查許可。
二、涉及國家安全、利益或機密者申請進入香港、澳門，經相關軍事委託機關（構）審查後，應經本院審查會審查，審查決議陳請董事長或院長核定。
三、未涉及國家安全、利益或機密者，因非公務事由申請進入大陸地區、香港、澳門，應經本院審查會審查，審查決議陳請董事長或院長核定。
四、未涉及國家安全、利益或機密之簡任或相當簡任第十一職等以上之公務員，因非公務事由申請進入大陸地區，應經本院審查會審查，審查決議陳請董事長或院長核定，並經內政部許可。