水運管制權責，區分如下：
一、聯合運輸指揮部：負責水運作業運案之管制。依國軍各單位之水運申請，完成運量與運能之審查及港口設施之管制運用。戰時依軍事需求，對港口有優先使用權。
二、交通部航港局：負責二十總噸以上商用船舶與民間水運作業機具之整備及配合軍事運輸之作業事宜。
三、行政院農業委員會漁業署：負責漁船（筏）之整備及配合軍事運輸之作業事宜。
四、海軍司令部：負責艦船（含已徵用之船舶、漁船（筏）機具）調派支援及各軍港、商港、工業港、漁港軍事運輸之管制作業。