合作得以下列方式進行之：
一、授權，包括下列四種方式：
（一）科技工業機構擁有之智慧財產權或專門技術，於一定期間內，以專屬或非專屬之方式授權法人團體使用。
（二）法人團體擁有之智慧財產權或專門技術，於一定期間內，以專屬或非專屬之方式授權科技工業機構使用。
（三）科技工業機構與法人團體共同擁有之智慧財產權或專門技術，於一定期間內，以專屬或非專屬之方式授權其他科技工業機構或法人團體使用。
（四）科技工業機構與法人團體以專利權、著作權、專門技術或其他智慧財產權，於一定期間內，以專屬或非專屬之方式相互授權。
二、共同使用：科技工業機構與法人團體為發展國防科技工業之特定目的，約定於一定期間內共用一方或雙方之人員、設備或其他資源，以從事共同研發、產製或維修。
三、合資：科技工業機構與法人團體共同以技術或現金出資成立公司，以從事國防科技工業相關之研發、產製或維修。科技工業機構所持股權應低於公司實收資本額百分之三十五。科技工業機構以現金出資者，其所取得之股權，應低於公司實收資本額百分之二十。
四、入股：從事國防科技工業研發、產製或維修之公司發行新股時，科技工業機構得以技術或現金參加認股，其所持股權之限制與前款同。
五、補助：科技工業機構與法人團體為促進國防科技工業研究發展特定目的之達成，共同以現金出資，並由法人團體執行。科技工業機構出資金額應有一定之限制，其數額由主管機關定之。
六、共同承攬：科技工業機構與法人團體，約定就彼此擁有人員、設備、技術、現金或其他資源，共同承攬國內外國防科技工業相關之研發、產製、維修工作。
七、工業合作：因軍品外購要求投標廠商採購國內貨品比率、進行技術轉移、投資、協助外銷或其他類似條件之合作。
八、其他主管機關核定之合作方式。
依前項第一款所為之授權，其權利金金額，應以利用權利或技術之價值定之。
第一項第二款所稱其他資源，得包括技術或現金出資。但科技工業機構為共同產製或維修之特定目的以現金出資時，應以軍事專用為限。
合作項目，除國防政策另有規定外，依下列原則之一選定之：
一、武器裝備之需求，科技工業機構無法單獨完成者。
二、科技工業機構已具部分能量者。
三、科技工業機構計劃建立能量之項目，具有相同或互補需求者。
四、法人團體有意願從事國防科技工業之項目，經評估符合國防需求者。
五、科技工業機構或法人團體已具有或計劃建立之技術、設備或特殊資源，得供合作對象使用者。
六、合作後研發、產製、維修能量增大，得發揮規模經濟者。但不得適用單純之裝配組裝生產情形。
七、為改進現有軍事專用產品或軍民通用產品之性能或品質、更新現行技術、降低成本或提高附加價值所需者。
八、能促進科技工業機構或協助民生產業升級發展之軍民通用科技項目。
九、經主管機關核定之政策性項目。
科技工業機構與法人團體合作從事有關國防科技工業之研發、產製及維修，應依下列原則，擇定對科技工業機構最有利之對象：
一、法人團體具特殊技術能力或資源，符合國防科技工業相關發展需求者。
二、科技工業機構具特殊技術能力或資源，得為法人團體發展軍民通用科技所用者。
三、法人團體技術能力佳，足以接受原廠之授權或驗證，以建立外購軍品之自主研發、產製、維修系統者。
前項所稱技術能力，包括專有技術、認證資格、研發創新、品質管制、成本控制、品牌經營、營業彈性、行銷通路、物料供應管理或專案計畫管理等。
第一項所稱資源，包括人力、財力、物力、知識及資訊。
科技工業機構應檢討提出所有得從事合作之項目、執行優先順序等有關具體分析資料及中長程計畫建議案，陳報主辦機關審查並彙編中長程計畫。
科技工業機構依中長程計畫或專案需求，擬訂工作計畫陳報主辦機關，主辦機關於核定後，並應陳報主管機關備查。科技工業機構與主辦機關為同一機關時，工作計畫由主管機關核定。
科技工業機構依工作計畫選定合作對象時，依下列程序辦理：
一、公開展示：包括計畫性展示與專案展示。展示通知應刊登於政府公報或新聞紙，並公開於資訊網路。
二、合作計畫書：合作計畫書由法人團體以書面提出，應詳細說明法人團體之特殊技術能力與資源、建議之合作項目、符合本辦法規定之具體事實，及主辦機關要求之其他配合事項。
三、成立評估小組：評估小組之成員應有七人以上，由主辦機關及科技工業機構派員組成，科技工業機構參與人數不得超過二分之一，必要時，主管機關得派員參與。評估小組之決議，以會議方式行之，二分之一以上小組成員出席，出席成員表決權二分之一以上之可決為之。評估小組得聘請律師、會計師或其他專業人士擔任小組顧問。
四、互訪：主辦機關或科技工業機構應與法人團體派員互訪，必要時主管機關得派員參與。
五、審查會議：評估小組應依法人團體之合作計畫書內容及互訪結果，召開審查會議，決議是否進行合作。
六、核定：審查會議決議，陳報主辦機關核定，核定後並陳報主管機關備查；評估小組由主辦機關成立者，應陳報主管機關核定。
七、簽約：科技工業機構與合作對象簽署合作契約。
機密以上之合作，得不適用前項第一款之規定。