辦理補償之主管機關為國防部，執行機關為國防部陸軍司令部，其權責如下：
一、主管機關：
（一）編列補償費用。
（二）召開審查會議。
（三）其他關於補償重要事項之核定。
二、執行機關：
（一）受理補償事件之申請。
（二）補償事件調查處理意見及認定結果彙報主管機關。
（三）補償費發放作業。
（四）其他有關補償事件之處理。

前項審查會議，主管機關應邀請地方政府、社會公正人士或學者專家參與審查。