眼科部掌理事項如下：
一、眼科病人之疾病檢查、診斷及治療。
二、眼科各種疾病之教學、研究及訓練。
三、支援建教合作醫療院所有關眼科之醫療及教學相關業務。
四、其他有關眼科醫療事項。