傳統醫學部掌理事項如下：
一、發展中國傳統醫學、整合現代醫學與各國輔助替代醫學之疾病診療、教學、研究及訓練。
二、支援建教合作醫療院所有關傳統醫學之醫療及教學相關業務。
三、其他有關傳統醫學醫療事項。