醫學工程部掌理事項如下：
一、智慧醫療研發、大數據應用、資訊建構、醫療影像應用及教育訓練。
二、精準醫學、個人化醫療、基因體資訊、次世代基因定序。
三、醫療設備維修保養、採購預算、規格審查及報廢鑑定。
四、其他有關醫學工程事項。